Die Anfänge
Im 19. Jahrhundert gelangte der Schaffhauser Kaufmann Johann Conrad Im Thurn mit seinem Londoner Handelshaus zu beträchtlichem Reichtum. Seiner Heimatstadt verbunden, stiftete er 1864 die Summe von 10'000 Pfund Sterling. Gemäss Stiftungsurkunde wollte Im Thurn seiner Heimat «einen bleibenden Beweis meiner Anhänglichkeit und Liebe» erbringen und mit einem entsprechenden Gebäude insbesondere die Musik, aber auch Kunst und Bildung unter einem Dach vereinen. Die finanziellen Mittel sollten weiter «die Besoldung tüchtiger Musiklehrer» ermöglichen oder den Kunstverein bei der Öffnung seiner Sammlung unterstützen.

Das Imthurneum, benannt nach seinem Stifter, wurde vom Architekten Georg Friedrich Peyer im Hof, einem engen Vertrauten des Stifters, am Standort des ehemaligen städtischen Schlachthauses auf dem Herrenacker erbaut. Es beherbergte auf einer Gesamtfläche von 9 × 27 Metern die Musikschule und einen Konzert- und Theatersaal. Am 16. Januar 1867 wurde es mit einem facettenreichen Programm, unter anderem mit Schillers «Jungfrau von Orleans» eingeweiht. Es entwickelte sich in kurzer Zeit zum kulturellen Zentrum der Stadt. Der Zuschauerraum war von einer grossen Kuppel gedeckt, besass eine intime Akustik und bekam aufgrund seiner 117 Türen Grund bald den Übernamen «Zuglufttheater». Johann Conrad Im Thurn wurde später zum Schaffhauser Ehrenbürger ernannt.

Die Ernennung des Direktoriums des Stadttheaters unterlag anfangs der Thurn’schen Stiftung, welche oft eine Theaterdirektion für eine einzige Saison beauftragte. In der Eröffnungssaison fanden während zehn Wochen 44 Aufführungen unter der Leitung des ersten Direktors Ferdinand Stolte statt. 1868 übernahm Emil Weinmüller die Direktion und sorgte nach einem turbulenten Zwischenjahr ohne Direktion wieder für einen regulären Spielbetrieb. Weinmüller begründete im Stadttheater den Modus, als Direktor mehrere Theater zu führen und mit seinem Ensemble die Häuser unter seiner Leitung mit seinen Produktionen zu bespielen. Dies wurde von seinen Nachfolgern bis Ende des 19. Jahrhunderts weitergeführt, bis der Stadtrat von Schaffhausen begann, eine aktivere Rolle in der Bestellung der jeweiligen Theaterdirektionen einzunehmen.

Die erste Theaterkommission und das Schaffhauser Ensemble
1899 rief der Stadtrat eine Theaterkommission ins Leben, die fortan die Aufsicht über den Theaterbetrieb gewährleisten sollte. Somit wurde die Direktion des Theaters nicht mehr durch die Stiftung, sondern durch den Stadtrat direkt besetzt. Als erster vom Stadtrat berufener Leiter übernahm Hans Robert im gleichen Jahr. 1907 übernahm mit Cornelia Donhoff erstmals eine Frau die Leitung des Stadttheaters mit ihrem Ensemble, welches ab 1909 unter dem Namen Städtebundtheater Schaffhausen-Solothurn firmierte. Dieser für Schaffhausen neue Modus war für beide Städte lukrativ. Dadurch, dass das Ensemble die eine Jahreshälfte in Schaffhausen und die andere Hälfte in Solothurn spielte, konnte dem Personal eine grössere Lohnsicherheit gegeben werden. Im Vergleich zu den Vorjahren, wo Truppen in wechselnden Besetzungen in Schaffhausen gastierten, gab es unter Donhoffs Leitung erstmals ein eigenes, eingespieltes Ensemble.

Nach Ausbruch des Ersten Weltkriegs im Sommer 1914 wurde der Spielbetrieb unter dem neuen Direktor Otto Schwarz für die Wintersaison 1914 eingestellt. Im Folgejahr wurde die Kooperation mit Solothurn kurzzeitig wiederaufgenommen, doch während der Kriegsjahre gelang es kaum, Kontinuität wiederherzustellen. 1916 konnte der Spielbetrieb wieder aufgenommen werden, wenngleich ein Ensemblebetrieb wie in den Vorjahren nicht mehr denkbar war. Schwarz konnte keinen Ensemblebetrieb mehr unterhalten und bot stattdessen Gastspiele in loser Folge an. Die Qualität eines Ensemblebetriebs wurde jedoch vermisst, sodass Schwarz in der Saison 1920/1921 wieder genügend Gelder von der Stadt bekam, um ein Ensemble aufzubauen. Der Verbund «Vereinigte Stadttheater Schaffhausen und Winterthur» wurde ins Leben gerufen und bespielte in folgenden Jahren das Imthurneum und das heutige Casinotheater Winterthur. Die latente Unterfinanzierung des Verbunds durch die Stadt Schaffhausen, die es Schwarz zunehmend schwierig gestaltete, Personal engagieren zu können, führte schliesslich zu dessen Kündigung im Jahr 1926. Die beiden Städte wandten sich daraufhin an Hermann L. Mayer, Intendant des Stadttheaters Konstanz. Dieses Bündnis ermöglichte es den Städten, drei Theaterhäuser mit einem Ensemble zu bespielen.

1932 wurde die Kooperation der drei Städte aufgelöst, zugleich wurde 1933 mit Walther Bringolf ein Politiker zum Stadtpräsidenten gewählt, der Theater als wichtige kulturelle Institution mit einem essentiellen Bildungsauftrag begriff. 1933 fand unter seiner Anweisung der Paradigmenwechsel vom Gastspiel- und Kooperationsbetrieb zu einem selbstständigen Standorttheater statt, welches seine eigenen Stücke produzierte. Es stellte sich jedoch in den nächsten Jahren heraus, dass die Kosten eines eigenständigen Ensemblebetriebs nicht dauerhaft garantiert werden konnten. Auch diverse Notmassnahmen wie Lotterien zu Gunsten des Theaterbetriebs lösten dieses Problem nicht, und so endete 1937 die kurze Ära des Schaffhauser Ensembles und es folgte die Rückkehr zum Gastspielbetrieb.

Abriss und Neubau
Das Gebäude, welches bis dahin der Thurn’schen Stiftung gehört hatte, wurde 1938 von der Stadt übernommen. Seitdem liegt die Verantwortung für den Theaterbetrieb sowie für das Gebäude bei der Stadt Schaffhausen, und das Theater ist seitdem ein städtischer Eigenbetrieb. Das über Jahrzehnte vernachlässigte Gebäude musste 1952 geschlossen werden, nachdem bei einer Probe Stuckaturstücke in den leeren Zuschauerraum gefallen waren. Am 8. November 1953 gaben die Stimmbürger grünes Licht für eine umfassende Sanierung, und das Architekturbüro Scherrer & Meyer wurde mit dem Projekt beauftragt, unter der Vorgabe den Zuschauerraum mit seiner besonderen Akustik zu erhalten. Während der Bauarbeiten wurde allerdings ersichtlich, dass ein kompletter Abriss des Gebäudes notwendig werden würde. 

Im Zuge des Neubaus wurde der Zuschauerraum erweitert und die Bühne deutlich vergrössert. Auch ermöglichte die neue Bühnentechnik die Versenkung der Vorbühne und der Bühnenturm wurde mit mehr Seilzügen für Kulissen und Beleuchtungstechnik ausgestattet. Dazu kamen Auflagen des Brandschutzes wie der eiserne Vorhang, eine Sprinkleranlage und Rauchmelder. Bis zur Eröffnung des Neubaus fanden die Vorstellungen im Saal des Gasthauses Schaffhauser Hof oder im Casino statt. Am 13. Oktober 1956 wurde das neue Stadttheater eingeweiht.